На Московском НПЗ внедряется система  усовершенствованного управления технологическими процессами (СУУТП), которая повышает эффективность и оптимизируют работу производственных установок завода. В 2016 году новая система была смонтирована на установках первичной переработки нефти, каталитического риформинга, газофракционирования и гидроочистки дизельного топлива. 

Внедрение СУУТП — часть комплексной программы автоматизации нефтеперерабатывающих активов «Газпром нефти». Проект усовершенствования управления технологическими процессами охватывает все НПЗ компании и позволяет обеспечить рост выхода светлых нефтепродуктов, увеличить производительность и энергоэффективность установок, повысить надежность производства, сокращая влияние человеческого фактора. В отличие от других систем, которые регулируют каждый параметр отдельно без контроля их влияния друг на друга, СУУТП задает рабочий алгоритм, заранее просчитывая и учитывая различные комбинации. В зависимости от внешних факторов и качества сырья СУУТП выбирает оптимальный режим и стабилизирует работу установок.

К 2018 году новые СУУТП начнут работу еще на пяти установках Московского НПЗ. Внедрение современных систем управления позволяет организовать процесс выпуска продукции с максимальной операционной эффективностью.

Улучшение энергетических и экологических характеристик операционных процессов — важная задача масштабной программы модернизации Московского НПЗ, которую с 2011 года ведет компания «Газпром нефть». Компания реализует на своих нефтеперерабатывающих активах второй этап программы модернизации, приоритетами которого являются рост операционной эффективности производства наряду с увеличением показателей выхода светлых нефтепродуктов и глубины переработки нефти.